Na cidade de São Paulo a devoção à Senhora da Penha tem início em 1667. De acordo com uma narrativa místico-lendária, apregoada pela piedade popular por séculos e parte do folclore paulistano, um viajante francês a caminho do Rio de Janeiro, nos idos de 1667, passando pelas altas terras onde está o atual bairro da Penha de França, então uma região de paragem de tropeiros e peregrinos, pernoitou por lá. Devoto da Virgem, trazia consigo uma imagem de Nossa Senhora da Penha, seu tesouro. Naquela noite, teria o piedoso peregrino sonhado ou pressentido que a Virgem se tornaria Padroeira da Cidade centenas de anos mais tarde? Nunca saberemos...
Na manhã seguinte, tomou a imagem junto com sua bagagem e prosseguiu sua caminhada rumo ao Rio de Janeiro. Conscientizou-se, já distante, que a imagem não estava mais consigo. Voltando, apreensivo, encontrou-a no local onde passara a noite. O episódio se repetira mais vezes. Atento aos sinais do Alto e à vontade de Maria Santíssima, o viajante ergueu ali, no alto daquele penhasco, uma primitiva ermida em honra da Virgem da Penha, que passou a operar numerosos milagres, dando origem, mais tarde, ao Santuário e ao bairro.
A versão histórica, contudo, reza que o Padre Jacinto Nunes Siqueira ergueu, em 1668, “fase das sesmarias precursoras”, no alto da referida colina, uma capela para abrigar uma imagem da Virgem da Penha, a qual originou, posteriormente, o conhecido Santuário e o bairro homônimo.